外用药物疗法是目前治疗生殖器疣较常用的方法之一。它是通过药物的化学性破坏作用来破坏HPV（人类乳头瘤病毒）感染的疣体组织，从而达到消除生殖器疣的目的。另外，有些化学药物同时还具有抗HPV作用、抗增生作用和免疫调节作用。现将临床上常用的生殖器疣外用药特点分列如下，以方便患者合理选用。
三氯醋酸：这是一种化学性破坏剂，对生殖器疣具有化学性凝固作用，能使尖锐湿疣萎缩，加之三氯醋酸对角质剥脱溶解的协同作用，最终使疣体脱落。此药治疗生殖器疣的疗效较好，一次性治愈率较高，但治疗后生殖器疣的复发率也较高，且常在去除生殖器疣后很快复发。该药的局部不良反应是在涂药时会发生轻度到中度刺痛。药物浓度太高、用药量太大或用药次数过多时可引起局部红肿、溃疡，并形成疤痕。由于三氯醋酸不被皮肤黏膜吸收，故该药是唯一可用于治疗孕妇生殖器疣的外用药物。 冰醋酸：也是一种化学性破坏剂，其作用机理、用药方法、疗效以及不良反应也与三氯醋酸相同。若将冰醋酸药液误涂于正常皮肤黏膜时，应立即用生理盐水冲洗，以免造成严重烧伤。
足叶草毒素：又称“鬼臼树脂”，是一种从足叶草脂中精炼的提取物。用药方法是每日两次，3天为一疗程。停药待疣体脱落后，视情况再决定是否继续用药。若疣体未完全消退则需要重复一个疗程，但每个疗程间隔时间应在4～6天以上。 5－氟尿嘧啶（5－FU）：是一种细胞增生抑制剂，对HPV复制有抑制作用。该药能抑制细胞内胸苷酸的生成，并通过干扰DNA和RNA的合成来抑制细胞生长，进一步导致细胞损伤或凋亡。近年来，5－FU被广泛用于治疗生殖器疣。该药的特点是经济、疗效好、使用方便。 安达芬乳膏：化学名为重组人干扰素α－2b乳膏，该药对局部皮肤具有抗病毒、提高免疫功能、增强巨噬细胞吞噬功能、增强细胞毒T细胞的杀伤作用等功效。值得注意的是在涂抹本品的患病部位禁止合用其他外用药物。
咪喹莫特（imiquimod）：是一种新型的外用免疫调节剂。研究表明，咪喹莫特及其他咪唑喹啉胺类药物均具有抗病毒和抗肿瘤能力，这种抗病毒和抗肿瘤能力并不是直接的，而是通过诱导机体产生一些细胞因子而发挥作用。皮损治愈平均时间为6～10周，最短为4周，复发率为13％～19％。不良反应主要表现为局部的瘙痒、烧灼感、刺激、疼痛和触痛等。
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